Die nationalen und regionalen Büros von Greenpeace sind größtenteils autonom hinsichtlich der lokalen Umsetzung von gemeinsam beschlossenen globalen Kampagnenstrategien und sind für die Finanzierung ihrer Arbeit selbst verantwortlich.
Greenpeace International mit Sitz in Amsterdam koordiniert die weltweiten Kampagnen, wacht über die Entwicklung und die Leistungserbringung der nationalen und regionalen Büros. Darüber hinaus plant Greenpeace International die weltweite Weiterentwicklung von Greenpeace, ist für die Wartung der Schiffe verantwortlich, ist Ansprechpartner und pflegt die Kontakte in den Ländern ohne Greenpeace Niederlassung.
Seit November 2009 ist Kumi Naidoo der internationale Executive Director von Greenpeace.