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Entre os principais problemas ambientais relacionados aos transgênicos está a contaminação genética, que acontece quando plantas transgênicas cruzam com plantas convencionais e se sobrepõem, causando uma perda da diversidade genética da espécie. Isso já aconteceu com o milho no México, por exemplo. Variedades que vinham sendo melhoradas há séculos pelos agricultores foram perdidas quando tiveram contato com o milho transgênico.
Além disso, os OGM também podem aumentar o uso de agrotóxicos. A soja da Monsanto, por exemplo, foi feita para ser resistente a um único pesticida. Após alguns anos usando sempre o mesmo produto, o agricultor começa a ter problemas para matar as ervas daninhas, que passam a ficar mais fortes e resistentes. Para acabar com esse problema, ele é obrigado a aplicar o veneno mais vezes e em quantidades cada vez maiores. E isso significa que mais agrotóxico será depositado no solo e na água ao redor da lavoura.
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