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En vertu de la Loi sur les océans, le ministère des Pêches et Océans peut établir des zones de protection marine dans les eaux de mer de juridiction canadienne pour la conservation et la protection des poissons et autres ressources marines vivantes ainsi que leurs habitats; de zones marines à haute biodiversité ou productivité biologique, d’habitats uniques; ou pour toute autre raison conforme au mandat du ministère. En vertu de la Loi sur la convention concernant les oiseaux migrateurs et la Loi sur les espèces sauvages du Canada, Environnement Canada peut établir des sanctuaires pour les oiseaux migrateurs qui servent à protéger les habitats côtiers et marins très utilisés par les oiseaux comme aires de reproduction, d’alimentation, de migration ou d'hivernage. En outre, les réserves nationales de faune (au-delà de 12 milles nautiques) sont établies afin de réserver d’importants habitats fauniques pour la recherche, la conservation et l’éducation du public. Finalement, en vertu de la Loi sur les parcs nationaux, Parcs Canada peut établir des zones de protection marine visant à protéger et à commémorer l'héritage naturel et culturel du pays dans les trois océans qui bordent le pays et les Grands Lacs.
Les gouvernements provinciaux peuvent aussi établir des aires protégées dans les différentes régions de leur juridiction. Par exemple, en Colombie-Britannique, en vertu de la Loi sur les parcs et la Loi sur les réserves écologiques, le ministère de la Protection de l’eau, du sol et de l’air peut établir des réserves écologiques et des parcs marins là où une composante marine peut être établie.