1975年，綠色和平在海上遭到俄羅斯捕鯨船「Dalniy Vostok」襲擊。乘坐氣墊船的綠色和平人員擋在一頭鯨與魚叉中間。船上的槍手不顧綠色和平人員安全，照樣瞄準射擊。魚叉擦過綠色和平成員的頭頂，擊中鯨身。這一瞬間被拍攝下來，並迅速在世界各地傳播，促使國際社會馬上採取行動反對捕鯨。過去三十餘年，綠色和平在海上與來自澳洲、挪威、俄羅斯、西班牙、冰島、秘魯和日本等國的捕鯨船隊對峙。
在全球公眾的大力支持之下，1985年綠色和平向國際捕鯨委員會遞交了100萬個簽名，呼籲禁止捕鯨。一年後，國際捕鯨委員會頒佈的全球商業捕鯨禁令正式生效。
1993年綠色和平又向美國政府遞交了200萬個簽名，呼籲設立南大洋禁捕鯨區。第二年，國際捕鯨委員會將南大洋指定為禁捕鯨區。
除了呼籲公眾及把國際社會民意呈現給國際捕鯨委員會，綠色和平還多次進行直接海上圍截行動。2005年12月至2006年2月期間，綠色和平的兩艘船「希望號」和「北極曙光號」在南極洋聯合行動，曾有29天與日本捕鯨船隊直接交鋒，令82頭遭捕殺的鯨魚得以在南極洋暢遊。
2006年，綠色和平與其他環保組織共同掀起了一場消費者運動，呼籲日本水產株式會社利用其影響力停止捕鯨，因為日本水產株式會社是擁有和運作捕鯨船隊的「共同船舶會社」三大私人股東之一。綠色和平的支持者向日本水產株式會社全球相關廠家發送十萬封電子郵件，成功令日本水產株式會社失去在阿根廷的水產品合同。同年，日本水產株式會社連同其他兩家企業，宣佈從共同船舶會社集體撤資，並聲稱他們不能從禁捕鯨區的鯨肉中獲利。目前，共同船舶會社由日本漁業廳獨資擁有。
2008年，響應綠色和平的號召，全球逾萬人參加網上簽名，製造巨大的國際輿論壓力。同年1月，綠色和平派遣船艦「希望號」前往南大洋鯨魚保護區，跟蹤日本捕鯨船隊，成功中斷捕鯨活動15天。最終，日本捕鯨船從南大洋鯨魚保護區捕殺551條鯨魚，比原本捕鯨目標減少一半。日本捕鯨船還在國際社會和公眾輿論的壓力下放棄捕殺瀕危的座頭鯨和小鬚鯨，只捕殺長鬚鯨。儘管如此，日本捕鯨數量仍然比2005年多了逾百頭，日本捕鯨活動並無中止。
