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就政府擬定的指引內容，綠色和平認為政府漠視超過三十五個以強制性標籤為基礎實施監管基因改造食物的國家，只以美國及加拿大兩國為參考，以偏蓋全之餘，還忽視兩國實施的細節或後果。
加拿大政府於二零零四年四月實施自願標籤，至今未有任何食物或加工食品有被標籤個案。根據特區政府於2002年4月委託香港環境資源管理顧問有限公司（ERM）進行「規管影響評估」顧問報告，部分業界人士對食品進口和分銷商會否真的自願為基因改造食品標籤有所質疑，甚至有公司表示，自願標籤對自己沒有影響，因為根本毋須為自己的產品作出任何改變。香港實行的成效如何，不言而喻。但更不幸的是，自願標籤等同不用標籤，無形中剥奪消費者知情權。
另外，美國政府的標籤注明，假如食物含有的基因改造成份有未預期的致敏源，不論含量多少均建議須要標籤。反觀香港政府建議需超過閾限值百份之五，才有需要加入「另加說明」，反映衛福局嚴重輕視基因改造食物對市民的潛在健康風險。
綠色和平項目經理譚萬基表示：「衛福局以這種掉以輕心，取巧的工作態度回應市民對食物的知情權及選擇權的訴求，令香港成為基因改造監管制度全球最落後的地區之一，實在難以令市民對政府保障食物安全繼續有信心。」
綠色和平再指出衛福局在會議內的答辦嚴重違反聯合國《卡塔赫納生物安全議定書》的預防原則。預防原則訂明，各國不得以沒有科學證據為藉口拒絕採取措施防止基因改造對環境造成不可逆轉的禍害。
中國已經加入《議定書》，香港的環境運輸及工務局正草擬立法實施《議定書》的規定，但衛福局的指引卻與《議定書》背道而馳。譚萬基表示：「我們認為衛福局應立即以《生物安全議定書》的預防原則設立全面而嚴格的監管和強制性標籤制度，食物安全問題不能一拖再拖。」
