La estructura interna de Greenpeace España sigue el mismo modelo que Greenpeace Internacional. Formada por el Consejo, la Junta Directiva, el equipo de dirección y los departamentos.
A la Junta Directiva le corresponde la dirección estratégica y política de la Asociación. Además, de acuerdo con la Dirección Ejecutiva, establece las prioridades y objetivos anuales, así como controla su cumplimiento.
El Director Ejecutivo es seleccionado por la Junta Directiva. A partir de ese momento, tiene la responsabilidad de coordinar la gestión diaria de la organización.
Greenpeace España se estructura en cuatro departamentos; Administración (recursos humanos, informática, contabilidad y administración y logística), Campañas, Comunicación y Desarrollo y Participación.
Los Estatutos fueron aprobados por el Consejo de Greenpeace España en la Asamblea Extraordinaria celebrada el 24 de enero de 2004 y están registrados en el Registro Nacional de Asociaciones.
El Reglamento de Funcionamiento Interno de Greenpeace España (GPE) ha sido elaborado por un grupo de trabajo constituido al efecto en el seno del Consejo de GPE, tratando de contener todos aquellos aspectos que pudieran precisar un tratamiento más detallado que el contenido en los Estatutos de GPE, recogiendo la experiencia acumulada en la organización a través de estos veinte años de trabajo.
