Para asegurar una adecuada coordinación, existe una oficina internacional en Amsterdam que trabaja en estrecha colaboración con las 31 secciones nacionales y con los barcos, parte fundamental de la organización.

Dentro de la estructura de Greenpeace se ha establecido un mecanismo de toma de decisiones en el qué tienen participación distintos sectores de la organización, lo que permite tomar decisiones consensuadas y rápidas, y evitar que ninguna persona o sector de Greenpeace pueda tomar decisiones unilaterales que no estén avaladas por la mayoría de la organización.