Según el informe de Greenpeace de octubre de 2005 "Agua: la calidad de las aguas en España. Un estudio por cuencas", existen diversos problemas asociados a la gestión y el uso del agua que afectan a todas las cuencas hidrográficas en mayor o menor medida. Estas prácticas son causa directa de la pérdida de calidad que sufren nuestras masas de agua continentales.