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Lamentablemente, su grado de protección no es el adecuado siempre, y aún estándolo, no se salvan de graves agresiones. La catástrofe de Aznalcollar en el Parque Nacional de Doñana, la ocupación ilegal de las Marismas de Santoña o los vertidos constantes en la Albufera de Valencia son ejemplos de que la protección en el papel no siempre va acompañada de una protección real y eficaz.
A pesar de que debería haber sido completada en el año 2000, la Red Natura 2000, que engloba a los espacios naturales más representativos de todos los ecosistemas europeos, sigue en proceso de formación. Cada Estado miembro de la Unión Europea debe presentar su lista de Lugares de Importancia Comunitaria o LICs. En España es demasiado habitual ver como espacios que habían sido incluidos dentro de un LIC, de pronto dejan de estarlo por arte de magia. En el caso del litoral, la construcción o ampliación de puertos y la extracción de arena para regenerar artificialmente playas son los dos motivos de exclusión más frecuentes. La ampliación del puerto de Ferrol o la construcción de varios puertos deportivos y el proyecto de un nuevo puerto comercial en Tenerife son ejemplos de esta desleal actitud con la naturaleza.
Greenpeace considera no se está dando la importancia necesaria a los ecosistemas costeros y marinos y que no se están protegiendo adecuadamente. Las administraciones deben proteger los espacios costeros y marinos antes de que sea demasiado tarde y el daño sea irreparable.