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Campesinos bolivianos muestran patatas producidas respetando el medio 
ambiente.

Campesinos bolivianos muestran patatas producidas respetando el medio ambiente.

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Aparición de resistencias que obligan a utilizar pesticidas cada vez más fuertes
Los organismos atacados por las toxinas de las plantas Bt se vuelven resistentes a esta toxina. Las plantas Bt segregan una forma activa de la toxina Bt en todo su ciclo vital; esto hace que la toxina pierda su eficacia y aparezcan plagas resistentes. Además inutiliza un insecticida fundamental en agricultura ecológica: los agricultores ecológicos utilizan un aerosol natural bacteriano que vive relativamente poco (se degrada rápidamente con la luz) y SÓLO SE ACTIVA en los sistemas digestivos alcalinos de ciertos gusanos y orugas.
El gen de tolerancia a un herbicida puede transferirse a otras plantas (por ejemplo, a las mal llamadas "malas hierbas"), que de este modo se hacen también tolerantes. Idénticamente, los rebrotes o las plantas que nacen de semillas de los cultivos transgénicos de años anteriores se hacen tolerantes a los herbicidas.

Contaminación de otros cultivos
Los cultivos transgénicos pueden transferir su modificación genética a los cultivos convencionales o a los ecológicos. De hecho, se han dado en España gran cantidad de casos de contaminación; a varios agricultores y ganaderos ecológicos se les ha retirado la certificación porque el organismo de control de la agricultura ecológica encontró que sus cosechas estaban contaminadas. En la agricultura y la ganadería ecológica no está permitido el uso de transgénicos. Estos casos, que ocurren cada vez con mayor frecuencia, son la evidencia de que la agricultura biotecnológica y la agricultura libre de transgénicos no pueden coexistir.

Pueden hacer disminuir la producción
No se ha constatado que los cultivos transgénicos tengan mejores rendimientos. En varios casos se han verificado pérdidas de hasta un 7% del rendimiento en soja transgénica en los EEUU. En España, un grupo de investigadores ha demostrado que los maíces transgénicos producen menos que las variedades equivalentes no transgénicas (ver informe "Al grano: impacto del maíz transgénico en España").

Dependencia de los agricultores hacia unas pocas multinacionales
Sólo un puñado de empresas (el 90% de los transgénicos están en manos de Monsanto) controlan el mercado de estas semillas y de los productos químicos asociados. Estas multinacionales han patentado sus semillas. Son las llamadas biopatentes. Han decidido ponerle precio a la vida, cuando la riqueza de la biodiversidad siempre ha sido un patrimonio de los pueblos y nunca ha tenido propietarios que pudieran cobrar a un campesino por utilizar la simiente de sus propias cosechas. La semilla, además de ser un insumo clave para los productores es la base de la soberanía alimentaria: las semillas no pueden pertenecer a unos pocos en detrimento de la inmensa mayoría.

Los consumidores los rechazan y, consecuentemente, la industria alimentaria también. Esto hace que los agricultores que los cultiven asuman más riesgos económicos que los que cosechan cultivos aceptados.