Se trata de una tecnología con un nivel de imprecisión muy elevado, cuyos efectos impredecibles tanto a corto como a largo plazo ya están siendo documentados por la ciencia independiente.

Los transgénicos son un grave riesgo para la biodiversidad y tienen efectos irreversibles e imprevisibles sobre los ecosistemas. Suponen incremento del uso de tóxicos, contaminación genética y del suelo, pérdida de biodiversidad, desarrollo de resistencias en insectos y vegetación adventicia ("malas hierbas") y efectos no deseados en otros organismos.

La utilización de los OMG en la agricultura no hace más que exacerbar los efectos perniciosos de una producción industrializada e insostenible, que no favorece a los pequeños agricultores ni reparte equitativamente las riquezas. Concentra el control de la agricultura y la alimentación en unas pocas manos, poniendo en peligro la independencia y supervivencia de pueblos y países.

Suponen un riesgo para la salud: potencialmente pueden suponer nuevas alergias, aparición de nuevos tóxicos, disminución en la capacidad de fertilidad (en mamiferos alimentados con OMG), contaminación de alimentos, problemas en órganos internos, etc.

No se evalúan correctamente los riesgos sanitarios a largo plazo de los OMG presentes en nuestra alimentación o en la de los animales cuyos productos consumimos.  Por otra parte, ningún sistema de evaluación podría demostrar la inocuidad de los OMG para la salud o para el medio ambiente dado que una de sus principales características son los efectos inesperados e impredecibles derivados de estas técnicas de ingeniería genética.

La industria biotecnológica se ha negado a hacer pública información vital que demuestra los problemas para la salud humana por el consumo de alimentos transgénicos. Distintos científicos han revelado que Monsanto omitió reportar efectos negativos serios, como los signos de toxicidad en los órganos internos de las ratas.

La Autoridad Europea de Seguridad Alimentaria (EFSA), responsable de su aprobación, ha sido objeto de duras  recriminaciones por no tener en cuenta las dudas y argumentos de los estados miembros. Además, los estudios científicos sobre los que se basa la evaluación previa a la autorización son realizados por las propias empresas, sin que sea posible en muchos casos  verificar los datos y resultados de forma independiente.