80-luku muistetaan historiallisista tapahtumista, jotka liittyivät kampanjaan Ranskan ydinaseräjäytyksiä vastaan Polynesiassa. Vuonna 1985 Ranskan tiedustelupalvelu upotti Greenpeacen lippulaivan Rainbow Warriorin.

Samalla vuosikymmenellä aloitettiin myös kampanja kemiallisen ja radioaktiivisen jätteen mereen upottamista vastaan. 70-luvun varovaisen alun jälkeen Greenpeace kasvoi uskomatonta vauhtia 80-luvun aikana.

Tukijäsenten määrä kasvoi koko maailmassa ja monia uusia kansallisia toimistoja avattiin, lähinnä Euroopassa. Suomeen Greenpeace tuli vuonna 1989.

90-luvulla taisteltiin jälleen Ranskan ydinasekokeita vastaan. Kampanja, joka vastusti Shellin suunnitelmia upottaa öljynporauslautta Brent Spar meren pohjaan sai paljon julkisuutta. Greenpeace vakiinnutti asemansa ympäristöjärjestönä 90-luvulla.