Il existe aujourd'hui deux sanctuaires. Ils se trouvent tous deux dans l'hémisphère Sud et couvrent presque un tiers des océans du globe.
Le Sanctuaire de l'Océan Indien
Le premier sanctuaire baleinier est créé en 1979 dans l'Océan Indien.
Il s'étend au nord de 55 degrés de latitude Sud et permet de protéger
les baleines lorsqu'elles migrent vers une de leurs principales zones
de nourrissage dans l'Océan Antarctique. Etablit à l'origine pour 10
ans, il a déjà été reconduit deux fois.
Le Sanctuaire des Mers Australes ou Sanctuaire Antarctique
Plus de 1,5 million de baleines ont été tuées dans les mers australes
au cours du 20e siècle. Certaines populations ont été presque
complètement exterminées. La Baleine bleue y a perdu 99% de sa
population et bien que sa capture soit interdite depuis 40 ans, on
observe très peu de signe de renouvellement de sa population.
Le sanctuaire Antarctique a été voté par la CBI en 1994, à
l'instigation de la France. Il a obtenu une écrasante majorité, avec 23
voix pour et une voix contre (celle du Japon), les autres pays s'étant
abstenu. Il couvre la plus grande partie des eaux situées en dessous du
parallèle de 40° de latitude Sud, et inclut des zones de nourrissage
essentielles pour la survie de 11 des 13 espèces de grandes baleines.
Il couvre approximativement une zone caractérisée par un phénomène
océanographique appelé la convergence subtropicale de l'hémisphère Sud,
qui délimite les régions où vivent les espèces marines - le krill en
particulier - dont se nourrissent les baleines à fanons.
Le sanctuaire a été reconduit en 2004, malgré l'opposition du Japon qui
a présenté une Résolution visant à abolir le sanctuaire austral.
Chasse "scientifique" du Japon dans le sanctuaire Antarctique.
Lors de la création du sanctuaire, le Japon a présenté une objection
concernant le Petit Rorqual. En effet, cette espèce, la seule qui avait
été à l'époque encore épargnée par la chasse parce que trop petite et
donc moins rentable, constituait un met de choix pour la flotte
japonaise. Le Japon n'a donc jamais été lié par le sanctuaire et
capture plus de 400 petits rorquals chaque année dans le sanctuaire au
prétexte de sa chasse scientifique. Depuis qu'il a démarré sa chasse
scientifique en 1987, le Japon a tué plus de 6.000 petits rorquals dans
le sanctuaire.