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Par ailleurs, les espèces à croissance lente et à valeur commerciale élevée, comme la morue, étant surexploitées, l'effort de pêche a été réorienté vers des espèces pélagiques qui se situent plus bas dans la chaîne trophique. Ce phénomène perturbe d'autant plus l'équilibre de l'écosystème marin car il le prive des organismes qui constituent la base de la chaîne alimentaire. Les prédateurs comme les requins, les mammifères, les oiseaux et l'homme situés en bout de chaîne sont menacés par cette perturbation dans la régénération naturelle des ressources trophiques.
Prises accessoires d'espèces non-ciblées
Lorsque les pêcheurs utilisent des techniques de pêche peu sélectives, comme les filets dérivants, les sennes tournantes et autres, ils capturent des espèces non ciblées. Accentuant leur caractère destructeur, ces techniques sont souvent employées à très grande échelle. Par ailleurs, les moyens de contrôle de l'activité de pêche (localisation des prises, respect des procédures de conservation lors de l'utilisation des techniques de pêche...) sont limités et il n'y a pas d'observateur sur chaque navire pour faire respecter les règles... Résultat, le gaspillage est énorme. Tous les ans, les flottes industrielles prélèvent en moyenne 27 millions de tonnes de poissons non ciblés. 25% des prises annuelles de poissons sont rejetés morts par-dessus bord.
Les pêcheurs entraînent dans leurs filets toutes sortes de poissons et d'oiseaux des mers non ciblés. Ils sont ensuite rejetés par-dessus bord, morts ou mourants.
Triste record dans ce domaine, les prises accessoires des chalutiers à crevettes sont évaluées, au niveau mondial, à 5 millions de tonnes de poissons pélagiques et à 17 millions de tonnes de tous les types d'espèces marines.
Près de la totalité de ces espèces non ciblées sont rejetées par-dessus bord, mortes, mourantes ou dans un état de faiblesse tel qu'elles sont sans défense devant leurs prédateurs. Dans les zones de pêche les plus destructrices, 30 espèces marines sont capturées pour 1 espèce de crevette !
Des destructions supplémentaires, graves mais non quantifiées, sont causées par des engins de pêche abandonnés en pleine mer et qui causent la mort de baleines, dauphins, tortues de mer et oiseaux marins.