Οι ανησυχίες πολιτών, επιστημόνων αλλά και περιβαλλοντικών οργανώσεων εντοπίζονται στην υγεία και στο περιβάλλον. Ως πιθανότεροι κίνδυνοι αναγνωρίζονται: για μεν το φυσικό περιβάλλον, η αλλοίωση της βιοποικιλότητας, η αύξηση της χρήσης φυτοφαρ- μάκων και ζιζανιοκτόνων, η αύξηση αντοχής ζιζανίων και εντόμων σε ζιζανιοκτόνα και εντομοκτόνα αντίστοιχα, η μεταφορά γονιδίων σε άλλα βιολογικά είδη, η απελευθέρωση στο περιβάλλον οργανισμών που κατασκευάστηκαν παραβιάζοντας τέσσερα εκατομμύρια χρόνια εξελικτικής διαδικασίας. Για τη δημόσια υγεία, υπάρχουν έντονες ανησυχίες για την πιθανή εμφάνιση νέων αλλεργιών, την αύξηση ανθεκτικότητας σε αντιβιοτικά και την τοξική τους δράση.
Παρά τις (δωρεάν) μεταλλαγμένες υποσχέσεις για την επίλυση του προβλήματος της πείνας η οποία μαστίζει περί τα 800 εκατομμύρια κατοίκους του πλανήτη, με μια ψύχραιμη ματιά μπορεί κάποιος να δει ότι η λύση στο πρόβλημα της πείνας δεν βρίσκεται στα μεταλλαγμένα αλλά στην ευρεία εφαρμογή μεθόδων ήπιας γεωργίας, σε συνδυασμό βέβαια με τη δυνατότητα πρόσβασης των φτωχών του πλανήτη στα τρόφιμα.
Τέλος, δεν πρέπει να υποτιμήσουμε το γεγονός ότι η συγκέντρωση της παγκόσμιας αγροτικής παραγωγής στα χέρια των λίγων πολυεθνικών των μεταλλαγμένων απειλεί τη διατροφική ασφάλεια αλλά και το μέλλον της γεωργίας και των αγροτών σε όλο τον κόσμο.