מתכות כבדות ומזהמים אורגנים עמידים (POPs) מהווים גורמי סיכון בלתי-הפיך לבריאות ולסביבת החי בים. ריכוזים גבוהים של כספית, קדמיום, אבץ ומשקעי עופרת נמצאים ב"נקודות-חמות", בדרך כלל אותם האזורים ה"זוכים" לכמויות גדולות של שפכים תעשיתיים, פסולת מוצקה וביוב. החומרים הללו יכולים לנדוד למרחקים של אלפי קילומטרים, מעבר לגבולות מדיניים, הרחק מהמקור שלהם.
זה גורם סיכון בריאותי רציני ביותר באזורים בהם דגים מהווים חלק אינטגרלי מהתפריט התזונתי ובאותם האזורים שבהם רבים תלויים בים למחייתם.
הובלה ימית
חלק מנתיבי השיט המסחרי העמוסים ביותר בעולם עוברים דרך הים התיכון. יש הערכות לפיהן בכל שנה עוברים דרך הים התיכון כ- 220,000 כלי שיט מעל 100 טון – בערך שליש מכלל תנועת הסחר הימי בעולם. ספינות רבות נושאות איתן מטענים מסוכנים, ובמקרה של תקלה התוצאות תהיינה נזק חמור לסביבה הימית.
השאריות משטיפת מיכליות כימיקלים ופסולת שמנים הם מקור משמעותי לזיהום ימי. הים התיכון מהווה 0.7 אחוז מכלל השטח המכוסה מים בעולם, והוא מקבל 17 אחוז מזיהום הים העולמי. בכל שנה בין 100,000 עד 150,000 טון של נפט גולמי מוזרם במתכוון לים במסגרת פעילויות ההובלה הימית.
קרוב ל- 370 מיליון טון של נפט מועבר בכל שנה בים התיכון (יותר מ- 20% מסך הכל הגלובלי), ובסביבות 250 עד 300 מיכליות נפט חוצות את הים כל יום. דליפות נפט לא רצויות קורות לעתים תכופות בממוצע של 10 דליפות לשנה. דליפת נפט גדולה יכולה להתרחש בכל רגע בכל מקום בים התיכון.
תיירות
היעד התיירותי הפופולרי ביותר בעולם, השילוב הייחודי בים התיכון של אקלים נוח, רצועת חוף יפה, היסטוריה עשירה ותרבויות שונות, מושך קרוב לשליש מהתיירות הבין-לאומית.
תיירות היא אחד ממקורות הפרנסה החשובים ביותר עבור רבות ממדינות הים התיכון. התיירות גם תומכת בקהילות קטנות באזורי חוף ואיים, ומספקת אלטרנטיבה לפרנסה הרחק מריכוזי אוכלוסיה עירוניים. למרות היתרונות הכלכליים שהתיירות מספקת לאזור, היה לה תפקיד מרכזי בהתדרדרות החופים והסביבה הימית.
פיתוח מואץ ובניית תשתיות קיבלו תמיכה ועידוד מצד הממשלות בארצות הים התיכון בכדי לאפשר ביקור מספר רב של תיירים כל שנה. הפיתוח העירוני הצפוף יתר על המידה גרם לבעיות רציניות של סחף וזיהום במקומות רבים לאורך חופי הים התיכון.
תיירות, שלעתים תכופות מרוכזת באזורים שבהם יש חיי טבע עשירים, יוצרת איום רציני לבתי גידול של מיני בעלי חיים של הים התיכון הנמצאים בסכנת הכחדה, כמו למשל צבי-ים וכלב-ים נזירי.