Национальный природный парк «Ленские Столбы» расположен в Центральной Якутии, в бассейне среднего течения р. Лены. На территории "Ленских столбов" основные ландшафто- и средообразующие факторы — геологическое строение и рельеф, геокриологическая обстановка и климат, которые характеризуются значительной неоднородностью.
Территория парка расположена на юго-западной окраине Центрально-Якутской низменности, которая постепенно переходит к расчлененному Приленскому плато. Плавный характер рельефа плато прерывается на участках обнажения коренных пород на бортах речных долин.
Существенное воздействие на формирование ландшафтов оказали активное термокарстовые процессы, обусловленные широким развитием вечной мерзлоты. С этими процессами связано образование аласов — блюдцеобразных понижений, большей частью занятых озерами. Пойменные озера старичного типа приурочены к основным руслам крупных рек. Все реки, включая Лену, имеют значительное падение и большую скорость течения. В их русле часто встречаются перекаты, сложенные галечниками и выходами коренных пород.
Климат здесь — резко континентальный с низкими температурами зимы и высокими - летом. Склоны южной экспозиции в парке обычно заняты лиственнично-сосновыми или сосновыми кустарничковыми лесами в сочетании с остепененными участками. На склонах северной экспозиции размещаются лиственничники с елью.
"Ленские Столбы" — комплекс различных по морфологии и происхождению природно-территориальных комплексов - сочетания обнажившихся древних, разрушающихся в настоящее время, останцовых карстовых форм и современных коллювиальных отложений. Развеваемые пески — Тукуланы, — природно-территориальный комплекс эолового происхождения, генетически связанный с ландшафтным комплексом средневысотных террас, расположенных на его поверхности. Наиболее крупный из них — Самыс-Кумага, представляет собой обособившуюся и самостоятельно развивающуюся песчаную гряду с практически не закрепленными растительностью склонами и, что свидетельствует активности эоловых процессов в настоящее время.
Основу достаточно богатого и разнообразного животного мира НПП «Ленские Столбы» составляют представители сибирского фаунистического комплекса с элементами южно-таежной и арктической фауны. В бассейне среднего течения р. Лены фауна рыб насчитывает 31 вид. На территории парка установлено гнездование 101 вида птиц, включая ворона, скопу, различные виды уток, чаек и куликов. В правобережной части долины р. Лена установлено обитание 35 видов млекопитающих.
В целом фауна здесь типична для среднетаежной подзоны Палеарктики с распространением таких животных, как соболь, бурый медведь, белка, лось, бурундук и т.д. К обитателям горно-таежного комплекса относятся кабарга, северная пищуха, горно-лесная форма дикого северного оленя. Ряд видов — изюбрь, пашенная полевка, некоторые представители рукокрылых и насекомоядных, характерны для южно-таежной фауны и здесь проходит северная граница их ареала. На остепененных участках территории встречается косуля и длиннохвостый суслик. На озерах и сильно обводненных участках обычны водно-луговые виды — ондатра, водяная полевка, полевка-экономка.