Магаданский заповедник создан в 1982 г. и включает все многообразие ландшафтов и природных комплексов Магаданской области. Заповедник расположился на побережье Охотского моря и состоит из нескольких участков, находящихся на значительном удалении друг от друга. Участки труднодоступны, без населенных пунктов и транспортных путей; они резко отличаются друг от друга по рельефу, климатическим условиям, флоре и фауне.
От внутренних районов Сибири заповедник отделяют горные массивы Колымо-Охотского водораздела. Отличительная особенность территории - муссонный климат. Охотское море, по природным особенностям близкое к арктическим морям, оказывает сильное влияние на этот прибрежный район, особенно летом.
В растительности доминируют северотаежные горные редколесья из лиственницы даурской и кедрового стланика. Встречаются виды, находящиеся на северном пределе своего распространения, реликты и редкие для Магаданской области виды (ель сибирская, одноцветка одноцветковая, ломонос бурый). На приохотских участках заповедника произрастает 638 видов высших сосудистых растений.
Животный мир представлен восточносибирскими таежными видами (173 вида птиц и 39 видов млекопитающих). Обычны лось, дикий северный олень, бурый медведь, соболь, выдра, заяц-беляк, северная пищуха. Встречаются снежный баран, рысь, росомаха. На крупнейшем из Ямских островов - Мотыкиле находится самое северное в Охотском море репродуктивное лежбище сивучей. Прибрежные воды облюбовали тюлени (лахтак, кольчатая нерпа, полосатый тюлень).
Из птиц в Магаданском заповеднике типичны кедровка, кукша, белая и тундряная куропатки, рябчик, каменный глухарь. На приохотских участках располагаются крупнейшие в северной части Тихого океана птичьи базары (тонкоклювая и толстоклювая кайра, моевка, тихоокеанская чайка, глупыш, берингов баклан). Заповедник лежит на магистральном миграционном пути гусей, лебедей, уток. Из редких птиц здесь гнездятся скопа, белохвостый и белоплечий орланы, беркут, сапсан, кречет, рыбный филин, орлан-белохвост и тундровый лебедь. На пролете встречаются розовая чайка, кулик-лопатень. В водоемах обитают 32 вида рыб, в том числе лососевые: кета, горбуша, кижуч, голец, кунджа, нельма, чавыча, нерка. Обычен хариус. Встречается сибирский осетр.
Привлекательные с эстетической точки зрения объекты отмечены практически на всех участках заповедника. Это ледниковые кары и озера полуострова Кони, скалистые берега и рифы полуостровов Пьягина и Кони, причудливые очертания Ямских островов, равнинные пейзажи Кава-Челомджинского и Ямского участков, русловые и старопойменные пейзажи знаменитой Колымы.