Земля Франца-Иосифа и окружающая её акватория — одно из самых богатых и ценных мест в Арктике. Огромные птичьи базары, редкие морские млекопитающие и эталонно чистая морская вода.

По данным National Geographic на скале Рубини-Рок, крупнейшем птичьем базаре на архипелаге, собирается 55 тысяч птиц. Разные виды пернатых селятся на разных этажах этой многоэтажки высотой 174 метра.

Для многих из них акватория вокруг архипелага является важнейшим местом их обитания. На Земле Франца-Иосифа птицам не угрожают многие факторы, связанные с деятельностью человека в других районах Баренцева моря: сбор яиц, охота, подрыв кормовой базы, химическое загрязнение, прилов в сети.

Полярные люрики гнездятся на Земле Франца-Иосифа повсеместно на подходящих участках побережья, в укрытиях расщелин скал и каменистых осыпей. Учёными описано около 70 колоний общей численностью около полумиллиона птиц. Кормящиеся люрики порой преодолевают расстояния в 100–200 км, чтобы добраться до богатых кормом акваторий.

Кайры улетают от гнездовых колоний на кормёжку далеко к северу. Кормовые скопления кайр встречали в нескольких десятках километров к северу от архипелага, в районе континентального склона.

Земля Франца-Иосифа — северо-восточный предел гнездового ареала атлантических глупышей. Для глупышей характерны очень широкие кормовые перемещения, и на охоту птицы разлетаются далеко за пределы архипелага.

Чтобы защитить морских птиц на Земле Франца-Иосифа, необходимо сохранить не только сами острова и прилегающие воды, но и морскую акваторию на много километров вокруг.

Фауна млекопитающих Земли Франца-Иосифа и его акватории насчитывает 11 видов, принадлежащих к отрядам хищных и китообразных. Характерное для высокоширотной Арктики преобладание морских млекопитающих проявляется здесь наиболее ярко: на островах полностью отсутствуют такие характерные травоядные тундровые виды, как лемминги и северные олени.

Наиболее широко распространённый вид китообразных в акватории Земли Франца-Иосифа — белуха, млекопитающее подотряда зубатых китов семейства нарваловых. Их окраска кожи меняется с возрастом: новорождённые — тёмно-синие, после года становятся серыми и голубовато-серыми; особи старше 3-5 лет — чисто белые. Акватория от Земли Франца-Иосифа до Северной Земли относится к важным местам летнего нагула белух карско-баренцев��морского стада.


Акватории Земли Франца-Иосифа — место наиболее регулярных встреч нарвалов в российской Арктике. Это охраняемый редкий вид, занесённый по причине малочисленности в Красную книгу России. Как правило, морские единороги придерживаются дрейфующих льдов, не избегая районов со значительными глубинами.

В районе Земли Франца-Иосифа обитают гренландские (полярные) киты, которые относятся к северо-восточной атлантической (шпицбергенской) популяции. Это наиболее редкий вид среди всех китообразных севера Баренцева моря. Шпицбергенская популяция внесена в Красную книгу России и Международного Союза охраны природы как находящаяся под угрозой исчезновения.

В настоящее время окрестности архипелага — место наиболее регулярных встреч гренландских китов как летом, так и зимой. В летние месяцы они распределяются на акваториях вокруг архипелага более широко. Учитывая недавние оценки численности шпицбергенского стада всего в несколько десятков особей, следует подчеркнуть значимость, которую сохраняет акватория вокруг Земли Франца-Иосифа для поддержания популяции в течение всего года.

Морские воды вокруг Земли Франца-Иосифа, в том числе и за пределами 12-мильной зоны, критически важны для многих китообразных.

Даже вода в районе архипелага Земля Франца-Иосифа признана эталоном. Весной 2016 года во время экспедиции на остров Земля Александры научной группой национального парка «Русская Арктика» были отобраны пробы морской воды в проливе Кембридж и с открытой океанской стороны острова.

Анализ проб показал, что вода в районе Земли Франца-Иосифа может быть признана эталоном морской воды — она свободна от примесей, которые поступают с береговым стоком. По своему микроэлементному составу, несмотря на близость берега, это океанская вода, отражающая глобальный геохимический фон. Таким образом, по мнению учёных, акватория Земли Франца-Иосифа — уникальное место, поскольку такую пробу можно взять близко от берега.