綠色和平東南亞團隊成立於 2000 年，於菲律賓、泰國、馬來西亞、印尼設有據點，致力保護東南亞豐富多樣的自然生態，為當地的弱勢族群發聲。
東南亞是全球環境破壞的最前線，受到急遽惡化的極端氣候及霧霾威脅、雨林棲地大規模被破壞、海洋生態無止盡的塑膠污染與過度漁撈、綠色和平與當地居民站在一起，並肩對抗龐大財團與貪腐政府的剝削，為氣候難民與動物提供緊急救援。
臺灣團隊設有統籌基金，於 2017 年起，支援東南亞各項環保專案，開展實地調查與公眾推廣，揭露環境破壞和污染的根本原因，倡議政府與企業採取環保政策，保護自然生態與棲地，培訓當地志工森林保育知識，從事野火救援、氣候救難等任務，為生存受威脅的珍稀物種與弱勢族群全力以赴。
東南亞地區的陸地與海洋，涵蓋了全球 35% 的熱帶雨林與 30% 的珊瑚礁，是世界少數育有超過 5,000 種物種的「超級生物多樣（Megadiverse）」的重點區域。
綠色和平於東南亞泰國、印尼、菲律賓與馬來西亞辦公室，長期致力氣候行動與正義、綠色能源轉型、減少塑膠污染、維護空氣品質、守護天然雨林和海洋生態。
透過實地調查、量測記錄、衛星影像及地圖分析，綠色和平發表研究報告，如實記錄和揭發各地原始雨林、遠近海、現正面臨的生態危機，關注森林與海洋生態的惡化如何加劇極端氣候。亦提供緊急救援，在災難前線提供人道與動物協助。
2016年，25名志工成立「雨林救火隊」，面對逐年加劇的森林大火，力挽災害反覆蔓延。每年進行救火訓練並在野火季時前往林區救援。
2017年1月，發布調查報告《銀行的毀林業務》，收集超過27萬人連署，促使匯豐銀行承諾停止與毀林的棕櫚油產業的融資。
2017年7月，成功促使泰國漁業大老泰聯集團（Thai Union）承諾永續漁業，減少 50% 人工集魚器（FAD），規範鮪延繩釣漁獲來源合法，漁工人道管理。
2018年底，發布的報告《Coalruption》，揭露印尼政治人物與煤炭產業複雜的裙帶關係，繼續透過本地及國際傳媒報導，凝聚公眾力量，要求政府加強規管。
2018年，彩虹勇士號走訪菲律賓、泰國與印尼，見證氣候變遷與人權的影響，透過媒體與公眾參與，推動當地加入淘汰傳統化石能源，積極開展再生能源。
2018年，發布為期兩年的毀林調查報告《The Final Countdown》、《Countdown to Extinction》、《Rogue Trader》，全球130萬人連署聲援，800名志工奔走，施壓全球知名餅乾Oreo的母公司億滋國際與最大毀林棕櫚油貿易商豐益國際（Wilmar International）斷絕往來。
2019年至2020年2月，在泰國開展太陽能醫院計畫，成功為7間醫院安裝太陽能屋頂，示範再生能源發展模式，幫助醫院不斷電。
2019年，經過4年調查研究，要求菲律賓人權委員會徹查殼牌（Shell）、埃克森美孚（Exxon Mobil）、英國石油（BP）等民營電力公用事業放任高碳排量，加劇氣候危害人權。奔走各地12場公聽會，終在12月獲得宣判，成為國家層級首次針對氣候變遷問責企業巨擘案例。
2019年發布研究報告《Burning Down the House》、《The True Cost of Palm Oil and Wood Pulp》和災後分析，受到國際關注。
2020年，與能源與清潔空氣研究中心合作發表《奪命空氣：化石燃料的代價》，指出化石燃料所造成的空氣污染，直接與間接導致每年450萬人健康受影響而喪生。
2020年，倡議各大銀行停止對燃煤電廠的融資計畫，促使馬來西亞第二大銀行聯昌國際銀行（CIMB）宣布於2040年退出所有煤炭投資。
2021年6月，成功推動印尼巴布亞省政府撤銷14張棕櫚油開發許可證，10月促使法院宣布當地原住民部落的土地權利，駁回3張棕櫚油種植許可證。更揭露韓國棕櫚油龍頭（Korindo）故意縱火惡行，促使森林管理委員會（FSC）終止商標許可。
2022年，泰國太陽能基金更下一城，透過群眾募資成功為7所醫院、6所學校安裝太陽能屋頂，亦促使泰國衛生部從國家預算增列資金補助再生能源發展。
2022年，與超過190個在地組織與團體合作，共同發起氣候連署、公眾推廣、研究報告，向政府施壓要求積極氣候行動，促使印尼總統佐科威公開表示綠色經濟是印尼的未來，並主持2022年的G20峰會中，將永續能源轉型作為三大支柱方案之一。
2022年發起公眾連署，要求馬來西亞政府制定「跨境霾害法案」，問責境外製造霾害的馬來西亞企業，獲得14位國會議員表態支持。
東南亞環境研究調查報告
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